Acides gras de deux à six atomes de carbone produits par la fermentation colique des fibres alimentaires, de l'amidon résistant et de certains peptides par le microbiote anaérobie. Les trois principaux — acétate, propionate et butyrate — représentent l'essentiel de la production, dans un rapport molaire proche de 60/20/20, pour une quantité totale estimée à plusieurs centaines de millimoles par jour.
Leur destin diffère selon la molécule. Le butyrate est capté prioritairement par le colonocyte, dont il couvre une large part des besoins énergétiques. Le propionate rejoint le foie par la veine porte, où il constitue un substrat de la néoglucogenèse et module la lipogenèse. L'acétate atteint la circulation périphérique et sert de substrat lipogénique et énergétique, y compris au niveau cérébral. Ces molécules abaissent le pH colique, favorisant l'absorption minérale et défavorisant certaines populations bactériennes, et agissent comme molécules signal via les récepteurs FFAR2 et FFAR3, avec des effets décrits sur la sécrétion de GLP-1 et de PYY, sur les cellules immunitaires et sur l'intégrité de la barrière.
Points de vigilance. Plus de 95 % des AGCC produits sont absorbés dans le côlon : la concentration fécale, souvent proposée dans les bilans de microbiote, reflète ce qui n'a pas été absorbé et non la production réelle. Un taux fécal élevé peut traduire une malabsorption colique ou un transit accéléré, un taux bas une absorption efficace. Ce paramètre n'a donc pas de valeur diagnostique individuelle et ne doit pas servir à orienter une supplémentation. La production dépend surtout de la quantité et de la diversité des fibres fermentescibles réellement consommées, et de la présence des espèces capables de les dégrader ; elle ne se « stimule » pas de façon prévisible par un produit isolé. Les données humaines reliant les AGCC à des critères cliniques restent hétérogènes : aucune allégation thérapeutique ne peut être formulée.
