Terme générique désignant une altération de la composition ou des fonctions du microbiote par rapport à un état considéré comme favorable : perte de diversité, expansion des Protéobactéries, raréfaction des producteurs d'acides gras à chaîne courte, modification des activités métaboliques. C'est un concept descriptif, utile pédagogiquement, mais qui ne dispose ni de définition consensuelle ni de seuil validé.
Les facteurs de modulation documentés sont nombreux : antibiothérapies, dont l'effet peut persister des mois, densité et diversité des fibres alimentaires, alcool, tabac, âge, transit, mode d'accouchement et d'allaitement, activité physique, certains médicaments dont les inhibiteurs de la pompe à protons et la metformine. Des associations entre profils microbiens et pathologies métaboliques, inflammatoires ou neuropsychiatriques sont décrites, mais la causalité reste largement à établir : la plupart des données sont transversales et le sens de la relation est souvent incertain.
Points de vigilance. Il n'existe pas de microbiote « normal » de référence auquel comparer un individu : la variabilité interindividuelle est considérable, y compris chez des sujets en bonne santé, et la variabilité intra-individuelle dans le temps est importante. Les tests de microbiote proposés au grand public, qu'ils reposent sur le séquençage de l'ARNr 16S ou sur la métagénomique, ne sont pas validés pour un usage diagnostique individuel : les résultats dépendent de la méthode de prélèvement, de la conservation, du pipeline bioinformatique et de la base de référence, et diffèrent d'un laboratoire à l'autre pour un même échantillon. Les scores de « dysbiose » et les recommandations personnalisées qui en découlent ne reposent pas sur un niveau de preuve suffisant. Employer le mot dysbiose comme une étiquette diagnostique, ou en faire l'explication d'un tableau clinique, dépasse ce que les données permettent d'affirmer. Le terme doit rester descriptif dans le discours professionnel, et aucune allégation d'effet sur une maladie ne peut être associée à une stratégie visant à « corriger » un microbiote.
