Le SIBO désigne une augmentation quantitative et/ou une modification qualitative de la flore de l'intestin grêle, associée à des symptômes digestifs : ballonnements, distension post-prandiale, flatulences, troubles du transit, parfois malabsorption. Ce n'est pas une maladie autonome mais la conséquence d'un facteur favorisant qu'il faut rechercher. Son diagnostic et sa prise en charge sont médicaux.
La méthode de référence reste l'aspiration jéjunale avec culture, positive au-delà de 103 UFC/mL selon le collège américain de gastro-entérologie, mais elle est invasive et peu accessible. En pratique on recourt aux tests respiratoires au glucose ou au lactulose : le consensus nord-américain de 2017 retient une élévation de l'hydrogène expiré d'au moins 20 ppm au-dessus de la valeur de base dans les 90 premières minutes ; un méthane supérieur ou égal à 10 ppm à n'importe quel temps définit une prolifération de méthanogènes, aujourd'hui désignée IMO, due à des archées et non à des bactéries. Les facteurs favorisants incluent hypochlorhydrie et inhibiteurs de la pompe à protons, ralentissement du complexe moteur migrant, adhérences et antécédents chirurgicaux, incompétence de la valve iléo-cæcale, diabète, sclérodermie et maladie cœliaque.
Points de vigilance. Les tests respiratoires ont une reproductibilité et une exactitude limitées : le lactulose génère des faux positifs en cas de transit accéléré, la préparation (régime pauvre en fibres fermentescibles la veille, jeûne, arrêt des antibiotiques et des laxatifs) conditionne le résultat, et aucun consensus européen ne fait autorité. Le tableau clinique recouvre largement celui du syndrome de l'intestin irritable, dont il partage les symptômes sans qu'un lien de causalité systématique soit établi. Le traitement documenté est antibiotique et relève du prescripteur. Les protocoles d'éviction alimentaire prolongés, les cures d'huiles essentielles ou de « biofilm busters » n'ont pas de niveau de preuve permettant une recommandation, et exposent à un appauvrissement alimentaire durable. Le professionnel formé en micronutrition n'établit pas ce diagnostic et n'annonce aucun résultat de test à visée diagnostique.
